Считай что html (dom) просто картинка отображающая твои данные по написанным тобой правилам, с твоим массивом она связи не имеет прямой.
Как вариант ты можешь в функцию которая вызывается по клику кнопки передать индекс элемента в массиве, и удалить из массива значение.
К примеру
function DeletWrapper (id, elementIndex) {
document.getElementById(id).remove()
arr .splice(elementIndex, 1);
}
<div id="wrapper_element_1">
<span>1</span>
<button onclick="DeletWrapper('wrapper_element_1', 1)">Удалить</button>
</div>