Магазину надо выставлять счета на 2 разные организации.
То есть может быть так что в заказе часть товаров надо оплачивать по счету организачии "X", а остальные товары по счету организации "Y".
Можно ли при оформлении заказа выставить на него 2 разных счета?
В которых будут присутствовать разные товары.
Оформляем заказ через API CSaleOrder::DoSaveOrder + CSaleBasket::OrderBasket.
У товаров в корзине заведем маркер который будет указывать в какой счет какой товар попадает.