"WooCommerce" и "best practice" в одном предложении - это оксюморон, потому что лучшие практики в среде WordPress разработчиков и в остальном мире очень далеки друг от друга.
Хотите лучших практик с точки зрения разработки по-человечески - WP можно, но зачем? WooCommerce там окажется погребён под таким слоем своих абстракций, что... В общем, зачем.
Вряд ли на такое где-то в опенсорсе можно посмотреть.
Хотите best practice с точки зрения разработчиков WP и WC - ну, купите премиум-тему с заявленной поддержкой WC, они и сами там в установщике предлагают. Но помните, что это "тупое говно тупого говна" (с).
А вообще "правильный" - это решающий свою задачу.