В вопросе написана полная ерунда. Если бы у Вас действительно "все файлы стали с расширением .lnk" не работало бы ничего, совсем ничего!
По скриншотам я вижу, что у Вас всего лишь начали отображаться расширения всех файлов. Вместо того, чтобы отключить это в свойствах папки, Вы зачем-то полезли в реестр рушить системные ассоциации, удалять ключи реестра - это вобще как в голову пришло?
С учетом того, что неизвестно, что Вы там ещё наделали, скорее всего восстанавливать придётся переустановкой Windows, но вдруг повезёт и совет
Hanneman поможет.
И да, забудте про оптимизаторы, ускорители и прочий хлам! Не надо ими пользоваться.