Ну, раз вы не посчитали нужным уточнить программу или хотя бы контейнер, в котором она поставляется, то давайте потыкаем 21-ым пальцем в Б-жье небо.
Если программа в формате exe, то попробуйте погуглить "myprog.exe cmd keys" - обычно такие поддерживают ключи без проблем, причём установщики универсальны для всех программ и вы сможете автоматизировать галочки и параметры, которые задаются в процессе установки.
Для разливки засуньте exe в msi (вы же умеете гуглить?) и разлейте через GPO.
Если программа в msi, то тупо делаете для неё шаблон со всеми настройками и льёте через GPO.
Если программа ни то, ни сё, то копируете её каталог со всеми настройками и разливаете по GPO скриптом на ПоверЩели, там же делаете ярлык.
Вопросы?