Почему не удается очевидно - в настройках Apache вы используете явную библиотеку для обработки 1с-вских данных. Т.е. у вас есть одна из двух строчек:
LoadModule _1cws_module "/opt/1C/v8.2/i386/wsap22.so"
или
LoadModule _1cws_module "/opt/1C/v8.3/i386/wsap22.so"
(если винда, то ссылки естественно в нужные каталоги ProgramFiles и не *.so, а *.dll)
А далее, прописывая базы, вы указываете в описании соответствующего directory инструкцию "SetHandler 1c-application".
К сожалению, я не занимался таким извращением, которое хотите сделать вы. Сомневаюсь, что в мире есть люди которые таким занимались... Но точно есть люди, которые подгружали одновременно различные версии одного и того же обработчика. Советую глянуть в сторону директивы AddHandler - возможно у вас получится подключить библиотеку версии 1С8.2 как обработчик 1c-application82. Тогда в настройках старых баз вам будет достаточно указать "SetHandler 1c-application82" и все заработает как надо. Покурите немного мануал и StackOverflow.
Если получится, то ждем вашу статью на Хабре :)