Я обычно через nginx пробрасываю. Объяснение простое: на nodejs у меня несколько приложений на сервере работают, а 443-й порт - он один-единственный. Да и можно в самих приложениях не добавлять лишние слои логики вроде логгирования, работы с сертификатами и прочего, если nginx с этим сам справляется, что облегчает как разработку, так и администрирования, когда все логи в одном месте в одинаковом виде.