Насколько я понял, автор хочет разделить большой префаб на несколько маленьких, и по большому счету неважно что там, меш или не меш, меш же тоже можно разделить, хоть это будет и не очень правильно. Потом из нескольких частей (как я подразумеваю) будет что-то собираться. Гуглите и читайте про nested prefabs (
https://docs.unity3d.com/Manual/NestedPrefabs.html) в последних версиях юнити это стало возможным.