обновить cms и залить все бэкапы назад проявит ли себя вирус
Конечно проявит. Ваш сайт уже в списке яузвимых у взломщика. В контексте того, что MODx хранит PHP код в базе, то вероятно он у вас уже в базе.
Я когда-то делал так:
1) вынес весь код из базы в файлы предварительно проинспектировав их.
2) полностью завел движок под git, немного понаблюдал по git diff что где меняется.
3) настроил окружение веб сервера так, что бы у движка небыло возможности записи файлов (по сути заморозив сайт).
4) начал последовательно "отпускать" гайки позволяет веб серверу писать в строго заданные директории.
Работа долгая и нудная требующая наблюдение за состоянием системы и быстрой накаткой/откаткой изменений.