Если у вас апач без mpm-itk - то апач будет работать от пользователя www-data.
Чтобы треды, обслуживающий ваш сайт, работали от пользователя petya, нужно сделать так:
apt-get install apache2-mpm-itk
И в конфиг виртуалхоста добавить такую строчку:
AssignUserID petya petya
Ну или просто выдать права пользователю www-data на чтение:
chmod -R 644 /home/petya/domain.ru/docs
find /home/petya/domain.ru/docs -type d -exec chmod 755 {} \; -print