Если вопрос заключается в
Как гит понимает на какой директории вызвали команды
то ответ -
getcwd()
Вот только как вам это поможет, я не в курсе. Вы не выглядите как человек, знающий C.
P.S.: Закидывать
что-либо в папку Windows - в корне неверно и потенциально опасно. Вы должны добавлять путь к программе в PATH.