Есть страница на которой работают интервалы и запускаются разные скрипты. script = document.createElement('script');
Но хотелось бы реализовать систему старт-стоп для этих скриптов. Как остановить выполнение всех функций скрипта и удалить его, но при этом не затрагивать выполнение функций в других скриптах.
Если скрипты чужие - никак. Вы можете остановить все наличные интервалы и таймауты разом, но не запустить их обратно.
Если скрипты ваши - предусмотрите это архитектурно и сделайте api для этого.