Суть в том что есть годами сложившаяся традиция решения определенных задач в Excel.
С годами версии экселя меняются. Когда-то давно был предел в 65 тысяч строк. Когда-то давно был предел в 1-5 мегабайт на файл.
Если брать просто данные, то эксель довольно неплохо справляется с большими объемами, там скорее упирается в оперативку на конкретном компе.
Но если начинаете оформлять, то я видел как довольно небольшой файл, но с оформлением в каждой ячейке вынуждают эксель зависать.
Много связей с внешними файлами - плохо. Эксель все-таки не база данных, и обновление из разных файлов будет подтормаживать.
Если у вас много функционала, возможно имеет смысл подумать о каком-то приложении, может быть с базой, но можно и напополам.
Тем более что с Экселем напрямую могут работать многие библиотеки.