Проверьте какую версию для работы использует сайт и какая версия по умолчанию используется при вызове скрипта их консоли.
Вероятно при запуске через консоль нужно явно указать что бы использовалась та же версия php которую использует сайт.
Пример команды на одном из проектов:
/opt/php71/bin/php /var/www/www-root/data/www/{Домен проекта}/type_update.php