Где вы поставите линки, в принципе не имеет большого значения.
Странно, что выбрали реализацию через popup окно, обычно делают разворачивающееся меню в шапке сайта, а popup окно выскакивает только с текстом о предложении сменить город.. или просто я вас не правильно понял.. Но не суть.
По второй части вопроса: 70% одинаковые
Обязательно реализовать:
- Контактная информация на сайте (в шапке и подвале сайта на каждом поддомене, оформленная микроразметкой shema.org);
- соблюсти условия подмены контента, а именно: в мета-теги, заголовки Н1, ALT, текст, но здесь надо быть аккуратным, т.к. частое использование топонима может быть расценено, как спам;
- Подмену делаем на всех страницах и разделах/подразделах (мета-теги и Н1 карточек товаров не трогать).
- При необходимости нужно создать несколько переменных с городами в разных падежах.
Так же следует учитывать, что частое явление - плохое ранжирование дублированного контента на поддоменах в Google (добавление уникального контента исправляет ситуацию).
Что часто забывают:
- пройти «путь покупателя» на каждом поддомене и проверить, сделаны ли все необходимые замены в "Корзине" и при иоформлении Заказа (часто забывают сменить город)
- проверить правильное формирование ссылок в sitemap.xml каждого поддомена
- реализовать переход с соответствующей внутренней страницы одного домена на соответствующую страницу другого.
- произвести настройки в Яндекс. Вебмастер и google консоль
