делить на два - API + SSR более гибко и в плане независимой разработки и масштабирования( к примеру для SSR необходимо 5 инстансов, в то время как для API возможно меньше)
если объединять все в одно, то получается менее гибко, но выигрыш в скорости разработки (скорее всего, но это неточно зависит от инструментов)
тому пример возможности next.js там можно и апи и ССР объединить в одно приложение, но стоит ли?