Здравствуйте!
Все зависит от того на каком уровне вы взаимодействуете с товарами.
Например, если бы вы работали на уровне REST API Woocommerce (
Документация), то я бы предложил сделать следующее:
1)
https://woocommerce.github.io/woocommerce-rest-api...
Получить список всех продуктов добавленных на сайт.
2) Из вашего файла получить список SKU
3) Циклом прогнать и сверить SKU и оставить те SKU, которых нет на сайте (новые товары).
В принципе, также можно на уровне плагина Wp All Import сделать наверное. Надо посмотреть, как нужно скрипты рнр для плагина писать