С т.з. системы дело происходит так:
Командная строка разбивается на части по пробелам. Эти части передаются как аргументы в процедуру main() - об этом написано в любом учебнике по языку Си.
Т.о., в данном случае "-y" - это второй аргумент для программы apt-get; и как она его обработает - это её внутреннее дело.
В Unix есть соглашение, которое выполняется большинством программистов (т.е. присутствует в большинстве программ; исключение - разве что очень древние программы): "аргумент, начинающийся с минуса - это ключ, т.е. модификатор поведения".
Собственно, в данном случае Вам надо дать команду
man apt-get
и читать, что означают аргументы и ключи. Также можно
загуглить мануал - тут написано
-y, --yes, --assume-yes
Автоматически отвечать "да" в ответ на запрос программы; ...