С точки зрения Symfony консольная команда - это просто класс, наследуемый от
Symfony\Component\Console\Command\Command
. Любая консольная команда - это просто запуск класса
Symfony\Bundle\FrameworkBundle\Console\Application
, как можно видеть в файле
bin/console
.
Таким образом ничто не мешает вам "запустить консольную команду" просто создав Console\Application и запустив нужную команду в нём, сформировав правильные входные параметры.
Изменение структуры базы данных зависит от того как именно вы ею управляете. Используете ли Doctrine или что-то ещё? Используете ли Doctrine Migrations или нет? Без этой информации дать точный ответ нельзя. Скорее всего в вашем случае было бы логичнее всего использовать
Doctrine Migrations, они ведь именно для этого и созданы.