Допустим Atom имеет версию 1.26, а хочу 1.41.0-dev. Есть ли в терминале линукс убунту такая команда?
Хотеть не вредно :)
Скачиваете исходники, собираете, ставите. Правда новая версия может потребовать новые библиотеки, раскладка конфигов и установка патчей сделана не будет - но это уже все на вашей ответственности.
Команды?
Обычно:
configure
make
make install
Хотя сейчас всюду распространяется cmake - он может использоваться