У вас phpmyadmin на каждом сайте и никто не создает его руками на каждом сайте, соответственно ровно так же сделайте и
well-known/acme-challenge
Создайте файл
/etc/httpd/conf/extra/httpd-acme.conf:
Впишите в него вот это
не забудьте в этот раз создать все каталоги по дороге
Теперь на любом из сайтов по этой ссылке будет уходить сразу в этот каталог
Alias /.well-known/acme-challenge/ "/var/lib/letsencrypt/.well-known/acme-challenge/"
<Directory "/var/lib/letsencrypt/">
AllowOverride None
Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec
Require method GET POST OPTIONS
</Directory>
Включив это в /etc/httpd/conf/httpd.conf:
Include conf/extra/httpd-acme.conf
Перезапустите
Убедитесь что веб серверу хвататет прав на просмотр и редактирование файлов в этом каталоге
под правами я подразумеваю не толко chmod но и chown
права будут разные в зависимости от веб сервера и ОС
Есил у вас в httpd conf инклудится вся директория /etc/httpd или /etc/apache2/site-enabled, то можно просто положить там конфиг. и все
соответственно вот второй вариант, тут с правами точно будет все норм
Alias /.well-known/acme-challenge/ "/var/www/html/.well-known/acme-challenge/"
<Directory "/var/www/html/">
AllowOverride None
Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec
Require method GET POST OPTIONS
</Directory>
как правило эта папка есть при создание веб сервера, и права у нее уже правельные.