самое для меня удивительное это то что если запускать через браузер, то все выполняется.
Но когда выполняю через консоль, то вылезает фатальная ошибка указывающая на эту строку кода.
Почему вы решили, что у них должны быть идентичные конфиги? Наоборот, конфиги обычно разные.
Ну и ошибка не имеет никакого отношения к json. Если лимит памяти memory_limit, выделяемой ядром PHP. Где бы вы его не превысили - получите fatal error, всё просто. И пути отсюда лишь два: пытаться снизить потребление памяти скриптом либо поднимать лимит.