Вопрос, возможно, глупый, но все же... Почему во Flask-приложении достаточно просто прописать
app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'sqlite:///test.db'
чтобы работать Flask мог работать с SQLite. При этом сервер БД запускать не нужно.
А при работе с MongoDB нужно перед этим запускать mongo