Вот вам универсальный рецепт:
Что нужно делать При обнаружении
каких-угодно проблем с ВП:
- Отключить все плагины. Попробовать воспроизвести проблему. Если проблема пропала — постепенно включайте плагины назад и после каждого проверяйте, чтобы найти плагин-виновника
- Изменить тему на одну из стандартных. Попробовать воспроизвести проблему. Если пропала — ищите в коде темы что могло повлиять на стандартное поведение. Очень помогает автопоиск по хукам.
- Отключить must-use плагины. Далее аналогично пункту №1
- Поднять где-угодно чистый ВП и воспроизвести проблему. Если пропала — значит проблема в сервере, в его конфигах и т.п
В вашем случае после каждого шага необходимо обновлять параметры ЧПУ в админке.
В 99.99% случаем проблема пропадёт на одном из выше перечисленных шагов. Так методом исключения определите причину. И в оставшемся 0.01% — Это баг в ядре WP — пишите на форум разработчиков описание проблемы.
И где бы вы об этом не писали всегда добавляйте информацию что вы пробовали отключать плагины, менять тему, и так далее по списку. Чтобы человеку, который хочет вам помочь, было проще понять в чем может быть проблема.