Для продвижения город важнее, чем категория товара.
С точки зрения БД - нужно просто создать отдельный столбец 'city'.
С точки зрения SEO я бы рекомендовал сформировать URL вида
https://mysite.com/city/vid_tovara. Т.е. сначала геопривязка, потом каталог с товарами.
Если ваша CMS не заточена под региональные фичи, то я бы Вам не позавидовал, администрирование вручную такого количества категорий невозможно.