Вообще поддержка симлинков может быть опасной в такого рода расшареных ресурсах.
У меня под рукой доступа к настройкам ftp нет, но такое ощущение, что там в конфиге была специальная опция. Могу ошибаться.
Однако общее правило такое. Симлинк нужно делать от корня ftp на папки внутри расшаренной. Нужно избегать линкования на внешние каталоги, поскольку это может вызвать уязвимость (доступ к файлам, к которым вы не планировали давать доступ).
Ещё есть вариант без симлинков:
mount --bind /source/dir /destination/dir
И в fstab:
/source/dir /destination/dir none defaults,bind 0 0
Но не во всех файловых системах.
Жесткие ссылки, по идее, должны работать в любом случае.