Да, JSON нецелесообразно менять прямо на диске. Его нужно загрузить, распарсить, заменить значение, потом снова сериализовать данные в JSON и сохранить на диск.
import json
with open('myfile.json') as f:
data = json.load(f)
data['example1'] = 'bye'
with open('myfile.json', 'w') as f:
json.dump(data, f, ensure_ascii=False, indent=4)
nnikolyaa, Данный параметр создаёт визуальные отступы при записи json файла, т.е., если вы записали json файл НЕ используя indent, то просматривая json файл (просто кликнув на json файл), он будет отображаться в виде одной строки, если же указать параметр indent=4, в этом случае создадутся отступы и переходы на новые строки согласно pep-8 в питоне. 4 - это количество пробелов
Mark_Liss, А в чем проблема? Пройдите по всему списку узлов и сформируйте узлы заново, но с переформатированными значениями координат. Это, чтобы памяти много не съесть, можно делать в потоковом режиме.
Если вы загрузили весь файл в память, то можно в цикле поправить все значения.
В чем конкретно проблема?