<?= require_once APP . '/views/App/inc/header.php'; ?>
<?= $content ?>
<?= require_once APP . '/views/App/inc/footer.php'; ?><?= не просто выполняет код внутри него, но и выводит результат.<?php echo<?= require_once... на <? require_once... Но такой короткий тег <? не всегда поддерживается и не рекомендуется.<?php
require_once APP . '/views/App/inc/header.php';
echo $content;
require_once APP . '/views/App/inc/footer.php';
?>
true, который преобразуется при печати в поток в единицу. Замените <?= на <?php для require_once.