В плане поисковой оптимизации не скажу наверняка. Но подозреваю что всё равно.
Я бы не убирал.
Это нагляднее. Так у вас нет "Стандартной" локали. У вас все локали равнозначны. И всё что нужно сделать — при первом посещении перенаправить пользователя на одну из них в зависимости от настроек браузера или местоположения.
Запомните одну вещь, если у Вас мультиязычный сайт, то и локали для каждого языка должны быть, это Вам упростит задачу в дальнейшем.
Даже сейчас Вы просто можете проверить в том же php $_SERVER["REQ.... и если что, например по ip адресу (скажем у Вас скрипт определяющий страну), перенаправить ПРЯМО ЗАШЕДШЕГО НА САЙТ (без пути в урл) на нужную локаль.
Да и мракобесов много, я бы порекомендовал, если локаль по браузеру и по ип не определена, то перенаправлять на /en
так поспокойнее будет.