столкнулся с такой проблемой что если апач запущен /etc/init.d/httpd то права на создание файлов теряются, тоесть нельзя создать ни единого файла/директории даже если ставить 777 на все. Но если запустить с /usr/sbin/httpd апач, то все отлично. Однако странно, странно что все запускалось из рута и права на httpd из обоих директорий были одни и теже.
надо смотреть логи, а именно, что пишет apache когда пытается создать папку-файл, может быть дело в suexec? apache обычно из init.d запускается под www-data или www. Что за ось?
OS Fedora 14, нашел интересное в логах, вот строка когда запущен с /etc/
[Fri Apr 22 20:52:06 2011] [notice] SELinux policy enabled; httpd running as context unconfined_u:system_r:httpd_t:s0
а вот что пишет если с /usr/
[Fri Apr 22 20:26:59 2011] [notice] SELinux policy enabled; httpd running as context unconfined_u:unconfined_r:unconfined_t:s0-s0:c0.c1023
я так понимаю SELinux как то вмешивается в работу?
скорее всего виноват он, можно его конечно отключить, где-то в /etc/selinux/config, если у вас федора. но лучше, конечно, разобраться, что ему не нравится, может, вы меняли пути на www каталоги?