Пишу сюда отдельно:
Далаете кастомный макрос, который при помощи класса selector, обработает все ваши фильтрации и сортировки. Можете заглянуть в родительский класс каталога что бы взять от туда часть кода.
После уже полученный массив вашей выдачи перибераете foreach таким образом, что бы товары с common_quantity == 0, были в конце массива и только потом передаете его в шаблона на обработку.