Почитайте как питон ищет модули.
Папки, в которых лежат модули должны быть в PYTHONPATH либо модули должны быть установлены через Pip.
Питон, который вы запускаете через subprocess не может найти модуль. Вам необходимо создать виртуальное пространство с питоном, установить туда vk_api и запускать именно 'C:/virtualenvs/shitenv/bin/python.exe' в пакетах которого будет модуль.