Нужно сделать следующее (ZabbixServer 4.4.3, Ubuntu 16.4, Apache 2.4):
В файле '/etc/apache2/sites-available/000-default.conf' указать корневую директорию веб-сервера. По умолчанию стоит DocumentRoot /var/www/html/. Нужно заменить на каталог в котором лежат файлы Zabbix. У меня это DocumentRoot /usr/share/zabbix. Дальше перезапускаем веб сервер.