Посмотрите на другие загрузчики. Мы вот тоже уже давно с этим столкнулись, и как говорится также создали своё решение
IncludeJS. Плюс в том, что он загружает также стили и шаблон. Не требует конфигурационных файлов. Не требует специального обьявления модуля (загружает любые js, но поддерживает °exports). Поддерживает "кастомные загрузчики" .. вот
Traceur Compiler Plugin. И потихоньку мигрируем все проэкты на ES6.
Документации мало, может будет сложно будет разобраться.
Есть другой ещё очень хороший загрузчик -
LMD
Все они также могут собирать все ресурсы в одни файлы для релиза.