Можно использовать также, как и FTP, для передачи файлов, но помимо передачи файлов SSH предоставляет намного больше возможностей.
Например, доступ к командной строке и выполнению команд удалённо (само частое применение, пожалуй), проброс портов, авторизация по асимметричному ключу (намного безопаснее, чем пароль), да и SSH из коробки надёжно зашифрован и даже при перехвате сессии у злоумышленников ничего не получится выдернуть из протокола передачи, а при активном перехвате и подмене - клиент при подключении к серверу обнаружит, что ключ для начального обмена ключами изменился и предупредит об этом пользователя.
А из программ - перечисленные вами программы умеют работать с SSH так же, как и с FTP (в настройках только тип сервера поменять, остальное ничем не отличается).