В общем методом тыка выяснил следующее.
При создании файлов optimized media или proxy (даже после того проект уже закончен) выводит без артефактов, при удалении optimized media или proxy и тендере опять артефакты (при чем в самом проекте артефактов при проигрывании нет).
То есть, final cut, не делает артефакты при условии что optimized media или proxy находятся в библиотеке как таковые. Интересно получается.