Нашел решение, запишу тут, вдруг кому поможет.
Оказывается 1С хорошо с unix сокетами работает. Вот так добавляется база:
В адресе сервера указывается путь к папке с сокетом. Перед этим нужно дать доступ пользователю от имени которого работает служба 1С к самому сокету.
