блокировок РКН стали случаться проблемы с доступом (ошибка цепочки сертификатов).
Какие-то бурные фантазии, причем здесь расположение LetsEncryptа и блокировок РКН?
SSL никакие запросы никуда не делает чтобы понять валидный он или нет, поэтому ему глубоко пофиг на РКН с его блокировками, так что проблемы у вас явно в чём-то другом, а не в сертификатах.
И в датацентрах как правило не блочится то что заблокировано РКН, т.е. даже на российских хостах все заблоченные ресурсы вполне себе работабт и не должно быть никаких проблем с генерацией сертификата изначально например. Ну а если недоступно с хоста, то печально.
Так что вообще не понятно что за проблемы с доступом у вас к LetsEncrypt.