В каких случаях при разработке сайта на PHP лучше использовать не MVC (и его подобия), а какой-нибудь другой подход?
В случаях когда разработчики проекта разбираются в разных подходах и знают какой лучше использовать.
Во всех остальных случаях лучше этого не делать.
Большинство даже в MVC никогда не пыталось разобраться, и думает что это когда в проекте 3 папочки есть(model/ view/ controller/).
Или что MVC было придумано для веб приложений (а это не так :) ).