Как сделать автозапуск сценария?
В сценарий нужно добавить директиву #autorun. Далее, учитывая что кликер каждый раз записывает ассоциацию файлов "cms" на себя, вам достаточно будет просто вызвать файл сценария. Запустится кликер и начнет выполнение заданного сценария.
Однако возможен и вызов через параметр например при помощи bat-файла
C:\Clickermann\Clickermann.exe C:\Files\Script.cms
Автозапуск не распространяется на открытие сценария "с формы"