А в чем именно проблема? Метод же простой сам по себе. Ему нужно знать id сообщения, которое собираемся удалить. Какое именно сообщение планируется удалять?
bot.delete_message(message.chat.id, my_message.message_id)
Здесь my_message - сообщение, которое хотим удалить.
На удаление сообщения также есть ограничения
https://core.telegram.org/bots/api#deletemessage