Если вы вытаскиваете флешку не дожидаясь сброса файлового кеша (т.е. вы не используете пункт меню в трее - безопасное извлечение) то вы повреждаете файловую систему вот она и просит починки или форматирования. Особенно это актуально для NTFS, эта файловая система совсем не предназначена для флешек (лучше используйте exFAT, если у вас windows).
Если хотите вытаскивать флешку без необходимости выбирать безопасное извлечение в меню - то настройте работу с устройством вообще
без кеша на запись. работатьзапись будет сильно медленнее но зато извлечение флешки будет безопасным.