С помощью PHP можно всё то же самое, что и руками.
Например, дёргать ru.example.com или example.com/ru и т.д. Ну и заголовки пробовать, смотреть. Короче, на что фантазии хватит. Но 100% способа нет.
Самый надежный (но не 100%) способ - написать скрипты по сложности аналогичные поисковым ботам, то есть просканировать весь сайт и проиндексировать его. И по словам определить, какие там языки использованы. Как вы понимаете, это очень сложная задача. Тем не менее, отвечая на вопрос "можно ли с помощью php...", могу сказать, что можно.