с одним файлом всё просто:
ffmpeg \
-i "c:/ffmpeg/videos/video_1.avi" \
-t 10 \
-c:v copy \
-c:a copy \
"c:/ffmpeg/videos2/video_1.avi"
Но подставлять правильные имена и адреса файлов – задача не для ffmpeg, а для скрипта. Под Linux/MacOS это был бы bash-скрипт, как вариант. Под Windows тоже что-то типа bat-файла надо написать.