А как у вас выводится меню? С регистрированием зон меню, а далее через "Внешний вид" -> "Меню"
А так же, где у вас отображается ваш новый тип записи:
На отдельной шаблон-странице (у которой Template Name сверху) через написанный вами цикл
или вы создали файл archive-city.php ?
В первом случае, вы можете создать страницу в разделе "Страницы" и указать ей на этот шаблон, а далее в разделе "Внешний вид" -> "Меню" добавится новая страница во вкладке "Страницы". И вы сможете добавить её в ваше меню
Во втором случае проще всего добавить через "Произвольную ссылку". Минус конечно в том, что при переезде сайта на другой домен это ссылка будет неверной, но так ли часто переезжают сайты :)
