В React нет файловой системы, он работает в браузере.
но как разбивать проект
как хотите. часто компоненты в отдельнй папке, под другие части системы - тоже свои папки в src.
На каждый блок (header, aside, content) разбивать по 2 файла js css? Или можно по 1 файлу js css на весь проект?
на каждый компонент - отдельный файл js и к нему файл css.
Вообще - возьмите create-react-app и делайте в той структуре которая там есть. Для вас лучший вариант. Когда прокачаетесь - сможете с пониманием сделать по своему.