Посмотрите на график внизу слева. Там очень странная размерность - сотые доли процента загрузки CPU
Вероятно неправильно задан custom multiplier для CPU метрики и на самом деле это не сотые доли поцента, а целые поценты.
В таком случае график пустеет при превышении загрузки 80% и при снижении нагрузки данные вновь появляются.
т.е. сервер тупо не успевает ответить агенту, агент возвращает ничего, ничего попадает на график.
Попробуйте параметр
Timeout в конфиге
zabbix_server.conf### Option: Timeout
# Specifies how long we wait for agent, SNMP device or external check (in seconds).
#
# Mandatory: no
# Range: 1-30
# Default:
# Timeout=3
