массив в памяти или в БД? если в БД, то можно использовать функцию MIN() для выборки записей с минимальным номером склада
если же массив в памяти, то можно сначала его отсортировать по значениям (номер склада) sort(), а затем обойти его циклом for, оставляя только самые минимальные номера складов и удаляя лишние с помощью unset()