Как запустить команду терминала linux через php?

Question

[Sam67]

Здравствуйте!
Проблема такая. На моем VPS есть файл, который должен конвертироваться с помощью проги с переданными ей аргументами.
Заходя на серв через терминал в линуксе и выполняя команду, конвертированный файл создается в папке назначения. Команда ниже.
biom convert -i web/bogdan.kirukhin67.example.com/public_html/files/otu_table_filtered.biom -o web/bogdan.kirukhin67.example.com/public_html/files/file.txt --to-tsv --header-key taxonomy

Собсвенно, пробовал написать в PHP тоже самое следующего типа;
exec("biom convert -i web/bogdan.kirukhin67.example.com/public_html/files/otu_table_filtered.biom -o web/bogdan.kirukhin67.example.com/public_html/files/file.txt --to-tsv --header-key taxonomy")
При вызове через PHP ничего не происходит. В чем может быть проблема?
Может быть это из за того, что при входе через терминал я авторизуюсь под правами админа, а в случае с вызовом через PHP нет авторизации...
В общем, подскажите пожалуйста, как заставить все заработать. Заранее спасибо!:)

Answer 1

[Adamos]

Для начала - полные, а не относительные пути к файлам. И к программе biom желательно тоже.
Потом можно взглянуть на документацию exec и обнаружить, что она возвращает то, что было выведено в терминал - ошибки, скорее всего, там.

Comments

[Sam67]

biom ,если я не ошибаюсь, команда, а не программа.

[Roman Ratkin]

Sam67, большая часть того, что вы запускаете в консоли linux это бинарники. Чтобы найти где это чудо лежит:
which biom

[Sam67]

Roman Ratkin, Спасибо. Но, как я писал выше, при входе через ssh в терминале напрямую, команда прекрасно выполняется.

[Roman Ratkin]

Sam67, потому что когда вы заходите по SSH, то из profile или bashrc экспортируется PATH

[Adamos]

Sam67, потому что "в терминале напрямую" у вас в PATH есть путь к этому бинарнику.
В той оболочке, в которой будет запущена команда в exec, могут быть иные настройки окружения. Абсолютные пути позволят вам не париться по этому поводу.

[Sam67]

Roman Ratkin, Спасибо ! Завтра попробую!

[Sam67]

Adamos, Спасибо огромнейшее за подробное объяснение! Надеюсь сработает!

[Sam67]

Adamos, Заработало ! Спасибо огромное!

[Петр Ш]

Sam67, поставь "нравится" на ответы) пусть ответившим засчитает "вклад" :)