Иван Шумов предложил норм вариант, но я обычно делаю нечто более автоматизированное, но похожее, например:
- сделать файл default_config.ini
- при ините необходимого скрипта создавать config.ini на основе дефолтного
В зависимости от необходимости можно выводить ворнинги, но по моему мнению все должно работать сходу.
Если конфиг разрастается, стоит проверять текущий конфиг на отсутствие полей, которые есть в дефолтом. При ручной инструкции с установкой это, согласитесь, будет не так весело.